侯平为了开导朱由校，就将朝堂之中的许多龌龊都给他说了，其中就包括党争。
万历朝的党争其实可分为两个阶段，一个是万历朝初中期。
这一时期是万历皇帝分化瓦江南仕林的时期，朝中大臣主要分为两派在争斗。
一是激进派，他们的利益诉求主要是扩大工商业。
另一派则是保守派，他们的利益诉求则是保护土地财富不被侵犯。
此时的党争可以看成是嘉靖朝党争的延续。
结局其实早已注定，保守派一败涂地。
张居正被清算，其实就是这两派争斗的结果。
在生产力没有突飞猛进的前提下，国库收入大幅度增加，必然是执政者动了某个利益集团的蛋糕。
张居正清查土地的结果让人触目惊心，其背后隐藏的勾心斗角，不言而喻。
清丈后增加了一百八十二万八千五百四十二顷；
比清丈前的原额（万历六年统计）五百一十八万两千一百五十五顷增加了三成还多。
万历皇帝在清算张居正之前下了一道诏书，内称：过去丈量全国的土地，出现了许多不法的行为。主要是为强迫田主多报耕地，或者虚增面积，或者竟把房屋、坟地也列入耕地，而地方官则以此争功。鉴于弊端如此严重，那一次丈量不能作为实事求是的税收依据。
根据这份诏书可以大致明白一个事实，就是张居正利用清丈法排除异己，企图将随着严嵩倒台而日渐没落的士绅官僚集团彻底摧毁。
士绅官僚集团自不能坐以待毙，因此在反击之下迫使万历皇帝做出了清算张居正的行为。
虽然万历皇帝清算了张居正，然而士绅官僚集团早已经被清丈法弄的元气大伤，最终依旧一败涂地。
第二个阶段的党争就是万历皇帝分化江南士林之后所形成的各种党派。
这些党派的情况就比较杂了，他们之间有相同的利益诉求，但也有分歧。
就比如说东林党，东林党是纯粹的商贸利益集团的代言人。
他们尽管倍受打压，但因为垄断了当今最挣钱的海贸，可以用钱买势，综合实力最强。
万历三十二年（1604年），顾宪成与高攀龙、钱一本等在无锡东林书院，开始讲学。
“讲习之余，往往讽议朝政，裁量人物”，常常和书院中人谈论朝政得失。
他们渐渐形成了一个在野集团，被称为“东林党”。
他们主张开放言路、实行改良时政等意见，得到言官们的广泛支持。
由于支持“东林党”的人太多，非东林党人想要做任何事都会倍受攻讦。
而东林党虽是由东林书院得名，但是早在万历二十一年（1593年）前后就已经基本成形，而且还露出过獠牙。
只不过当时他们没有打出过明确的旗号和鲜明的政治主张，但是他们已经在干党同伐异的事情。
当年由吏部尚书孙鑨、左都御史李世达和考功司郎中赵南星主持京察，趁机徇私毁誉，结援同党，有大批的朝臣被罢免，吏部文选郎吕胤昌、给事中王三余均被斥黜，引起轩然大波。
然而此事还不算完，事后言官又集中弹劾吏部稽勋司员外郎虞淳熙、兵部职方郎中杨于庭、主事袁黄等。
这是东林党第一次大规模的党同伐异。
此时万历皇帝威信还在，及时将这股歪风邪气给打压了下去，未引起太大的乱子。
事后主事的三人也都或清退或贬官，不再重用。