后因段志病逝，马援又直接统领段志的水师。
之后，大军沿着南海前进，于第二年春到达浪泊上游；
与叛军接战，大败叛军，斩首数千人，投降者万余人。
马援追击征侧至禁溪，多次大败征侧，叛军分散逃走。
建武十九年正月，马援诛杀征侧、征贰，将首级传送至洛阳；
因功受封新息侯，赐食邑三千户。
之后，马援率军继续征剿征侧余党都羊等人，斩杀擒获五千余叛军。
至此，二征叛乱完全平定。
二征叛乱平定后，马援上奏朝廷，因西于县。
“马援进军沿途经过的每个郡县，都为当地修建城郭，挖掘灌溉水渠，做了许多有益于当地民众的事情。”
“因当地越人法律与汉朝法律有十余处相冲突，马援又逐条向朝廷上奏说明。”
“马援还向当地越人解释法律，加以约束。”
“从此以后，南岭骆越人按照马援说明的法律治理当地。”
“刘秀因马援平叛有功，赐给马援兵车一乘，朝见时的地位仅次于九卿。”
“马援征讨交阯得胜后回军，于建武二十年九月抵达京师。”
“一个月后，匈奴、乌桓侵犯扶风。”
“马援以三辅受到袭扰、先帝陵园受到威胁之由，奏请皇帝出兵，刘秀准奏。”
“同年十二月，马援便又率军出征。”
“但因乌桓军惧怕马援，见到马援后随即撤兵，此战马援无功而返。”
“建武二十四年，武威将军刘尚攻打武陵郡五溪蛮夷，全军覆没。”
“时年六十二岁的马援请命出征。刘秀因怜惜马援年老，没有准奏。”
“但马援再次上奏请战，并在刘秀面前展示自己老当益壮。”
“于是，刘秀批准马援带军征伐五溪蛮夷。”
“第二年春，汉军进抵临湘，正好碰上五溪蛮夷攻打县城。”
“马援指挥汉军迎战，大败贼寇，斩杀擒获二千余人，其余都四散而逃，进入深山竹林。”
“之后，汉军继续进军。”
“马援认为从壶头山进军虽路途崎岖，但路程短、耗时少，且能控制咽喉要道；”
“从充县进军虽路途平坦，但路程长，耗时又耗钱。”
“所以马援率军从壶头山进军。但因山高水急，蛮夷死守隘口；”
“又恰逢暑热天气，军士得疫病死者众多，马援也身染重病，于是汉军被困。”
“不久，马援病逝于军中，享年六十三岁。”
“马援与梁松的父亲梁统是故友，认为自己的辈分比梁松高，不必要因为梁松是驸马，身份尊贵，而用平辈间的礼仪对待他。”
“梁松因此对马援不满。之后，梁松与越骑司马杜保交往甚密。”
“因杜保被人指控行为不端而被牵连，梁松被刘秀问责。”
“刘秀用马援给侄子写信告诫他们不应该与杜保结交之事来斥责梁松。梁松因此对马援更加不满。”
“当初，马援军被困壶头山时，耿舒写信给哥哥好畤侯耿弇。”
“认为是因为马援没有听从自己的建议，错走壶头山，才导致大军被困的不利局面。”
“耿弇据此上奏，刘秀便派梁松去对马援问责。”
“马援此时已经病逝，梁松便乘机陷害马援。”
“由于梁松的陷害，刘秀下诏追缴马援的新息侯印绶。”
“之后，还有人诬告马援从交阯带回的一车薏苡仁是珍珠和犀角。刘秀也信以为真。”
“因此，马援的妻子、儿子都不敢将马援的灵柩运回家乡，葬入祖坟，只在城西买了几亩地草草下葬。”
“宾客、故友都不敢前去吊唁。”
“之后，马援的家属得知蒙冤，经过六次上书说明冤屈，刘秀才准许马援的灵柩运回家乡安葬。”
“永平十七年，马援的坟墓被重新修整，栽植树木，建起祠堂。”
“建初三年，东汉章帝刘炟派五官中郎将持节追加策封，谥封马援为忠成侯。”
陆游：马援曾经得到王莽堂弟王林的推荐，担任过新城大尹。
王莽政权灭亡后，马援逃到了凉州避难。
一年后，马援得到了陇西军阀隗嚣的器重，担任绥德将军。
公元28年，马援归顺了光武帝刘秀，他虽然投奔刘秀的时间较晚。
但却得到了刘秀的重用，多次领兵出征，并且屡建战功，因此被封为新息侯。
马援的侄子马严、马敦喜欢议论朝政，品评人物，还通轻侠客。
马援在南征交趾时，曾经给他们写信训诫，并举了越骑司马杜季良的例子。
结果这封书信被杜季良的仇人利用，他向光武帝刘秀告状，说杜季良。
为行浮薄，乱群惑众，伏波将军万里还书以诫兄子，而梁松、窦固以之交结，将扇其轻伪，败乱诸夏。
光武帝刘秀很生气，当即召见了梁松、窦固，以讼书及援诫书示之。
梁松、窦固吓得叩头流血，才没有被光武帝降罪。
马援并没有批评梁松、窦固，而是在教训自己的侄子，但他的这封书信被人利用，结果得罪了梁松、窦固。
这两个人可不一般，梁松是东汉功臣梁统的儿子，娶了刘秀的长女舞阴公主；
窦固是窦融的侄子，娶了刘秀的女儿涅阳公主。
马援在南征时与蛮夷进行对峙，牟平侯耿舒给兄长耿弇写了一封信。
耿弇立即将这件事上奏，光武帝很生气，就派梁松去军前问责。
梁松还没有抵达军前，马援就病死于军中。
正所谓墙倒众人推，马援得罪过的人就开始诬陷、诋毁他，比如梁松、窦固等。
马援在交趾的时候，经常服用一种叫薏苡的植物果实，用来轻身省欲，以胜瘴气。
班师回朝的时候，马援特意装了一车薏苡的种子，朝中的权贵们认为这是南土珍怪。
马援死后，梁松、窦固等人就说前所载还，皆明珠文犀，马武、侯昱也证明有此事。
光武帝勃然大怒，下旨追责马援。
马援的妻子上书诉冤，前后六上，刘秀这才同意将马援安葬。
由于这件事，马援的小女儿断绝了与窦家的婚姻，进入宫中，后来成为汉明帝的皇后。