三公九卿的构造唐代是寺最多的一朝，统共有九寺，分别为大理寺、太常寺、光禄寺、卫尉寺、宗正寺、太仆寺、鸿胪寺、司农寺、太府寺。这九寺级别低于六部，负责国家具体事务。宋代沿用了唐代的九寺之职，只是各寺职权做了相应的调整，地位与部相当，也是国家的常设机构。
首先上文已经提到的大理寺。商周时期，中央司法官之名为大理，即“整理律法之官”，此“大理”非云南大理自治州的那个“大理”。至秦汉时期，大理改名为“九卿”中的廷尉。廷尉的职能是掌管天下刑狱之事，廷尉的办公之处又叫廷尉署。
影视剧中，太常寺的出镜率虽不如大理寺，但在古代，它的重要性不比大理寺低。在中国古代社会，定期祭祀先祖是国家大事，同时，王朝的礼乐教化更彰显了政权的权威。而太常寺就是王朝礼乐、祭祖慰天的最高机关。汉代独尊儒术后，太常寺的地位得以稳固。
“鸿胪”一词，东汉学者应劭解读为“鸿，声也；胪，传也，所以传声赞导，故曰鸿胪”。也就是说，“鸿胪”代表着传达信息，指代的便是对外交往。中国古代王朝对于各国朝贡交往极为看重，往往给予前来朝贡的国家使节封侯以赏赐和礼品，招待使节食宿，这就需要设置一个专门接待外国使节的机构，这个机构就是鸿胪寺。
光禄寺的职能和太常寺有部分重合，兼管皇家的祭祀和朝会之事，但光禄寺的发展历程类似大理寺，直到北齐时期才设置正式的光禄寺，位列“九卿”之一。简单来讲，我们可以把光禄寺理解为皇室专属的后勤机构。每到皇帝要举办大型朝会时，光禄寺负责准备酒宴和场地，太常寺准备礼乐，一同把朝会搞得热热闹闹的。
太常寺管礼乐，光禄寺管饮食，太仆寺则管马政，负责古代战略物资马匹的储备与皇室成员的交通出行。秦汉时期，由于骑兵作战需求的大幅增加与交通出行的需要日增，朝廷设置太仆卿，负责掌管全国的养马业，以及皇室的舆马车驾。
太仆寺的建立，不仅方便了皇家出行，更为国家的养马业发展、骑兵部队的组建发挥了巨大作用。历朝历代都沿用了太仆寺制度，并不断加以完善，表现为管理的官署越来越多，可以供太仆寺征调的资源越来越广。如果说大理寺为保障国家的治安提供了重要助力，那么太仆寺为国家的国防与交通运输做出了巨大贡献。
而唐朝九寺中的其它四寺，宗正司、司农寺、太府寺和卫尉寺，则变化较大，有的并入其它部省，有的则被废除或改建。在琼州时，为了提高行政效率，赵昺实施的是三省归一的体制，将太仆寺并入兵部，司农寺并入户部，鸿胪寺和太常寺并入礼部，宗正寺改为宗正司由内廷管理，卫尉寺的职能由护军亲卫旅代替。余者暂时不设官员管理。
其实除了九寺外，还有监、院的设置。如作为古代教育体系的司天监；兵器制造和研发的军器监；掌管宫室建筑，金玉珠翠犀象宝贝器皿的制作和纱罗缎匹的刺绣以及各种异样器用打造的将作监；掌管舟船及水运事务、川泽、津梁、舟楫、河渠等事的都水监及医药卫生的太医院等等。
所谓存在即合理，监、寺等机构的设置本意只是协助三省六部更好地处理事务。吏户礼兵刑工六部加上三省大多都只能处理内部、中央和一些紧急的事情，并也只能粗略处理，而一些不紧急的和一些需要细微处理的事情就由寺监管辖。甚至有一些九寺中的官署，慢慢隶属于六部，成为六部的一部分。
其次就是古代分权制衡思想兴盛，三省六部制的思想也体现了分权意识，而寺监也在一定程度了分割了三省六部制的权力，加强中央集权，巩固封建统治。且监寺都是一些专业性比较强的部门，为了更好的服务和处理相关政务，所以被单独归纳出来成为单独的机构。
而当下监、院等机构也被赵昺拆的七零八落，司天监和国子监归于礼部管理，太医院基本上是由赵昺直接领导，其他人插不上手。都水监改为都水司，划归工部管辖，而都水军则又由兵部主管。至于将作监和军器监虽然挂在工部名下，实际上皆由内廷管理，直接向皇帝负责。
正是因为这些监、寺、院承担着国家一定的行政职能，在必要的时候甚至能够取代六部。所以赵昺知道两人是担心自己会将这些监、寺和院等机构划入内廷，以增强皇权。而他们也知道有些事情自己不干，皇帝就可以让内廷机构接手，跳过朝廷的监管，以致失去管控。
现在赵昺对于内廷的设置皇帝避而不谈，他们当然担心朝廷会被内廷挟制，因而也持保留意见，以便可以从容应对，而当下问及也可以理解为试探