为了能成为独当一面的魔女，十五岁的木幡真琴带着她的使魔黑猫奇多来到了青森县的弘前市，住进了远房亲戚仓木圭的家，开始在这座小镇进行魔女的修炼。
因为被听到了她与黑猫的对话，圭的妹妹千夏对突如其来的“客人”心存畏惧，但迫于哥哥的压力，她不得不陪同木幡一起去购物。
就在这个购物的途中，木幡随意拎起一把扫帚，然后飞了起来这在揭示了这个看似寻常的女孩其实是个“魔女”的同时，也把“敌对派”的千夏转变为了忠实的簇拥。
随后，木幡转入了当地的学校，认识了新的朋友石渡奈须，放课后两人一起归家的路上，神经大条的她拔了一根长得像触手怪一样的曼德拉草送给这位同学作为了“友情的象征”理所当然的，这种迷之生物遭到了对方的无情拒绝。
以这一话来说，趣味点就在这颗曼德拉草上，以及稍稍体现出来的魔女木幡与一般人的价值观冲突。
名为“春之搬运工”的妖怪的拜访，四处旅行的木幡姐姐的魔法课堂，误食了魔药白天会变成狐狸的魔女，雇佣幽灵为侍应生、接待各种奇怪客人的咖啡店，在天空中飞翔着做世界循游的鲸鱼、随着睡魔祭而来的吞鱼飞翔的魔女通篇都伴随着这些“新鲜的东西”。
除此之外，这部动画倒是真的把精力放在美术上了。尽管之前的黑岩射手也在注重背景细节的刻画，但相对来说它还有需要原画发挥的地方，重要部分的人物动作需要充分的表现力。但“飞翔的魔女”没有这种部分，一长一短，它的画面风格也就凸显了出来。
总的来说，它的画面有让人眼前一亮的感觉。
因为之前的实地取景，它对青森的某些实地景色保持了相当程度的还原度，而且画跟照片不一样的地方在于可以让自身得以在更主观程度上进行表达，该细腻的地方细腻下来，光线上的处理也可以更便宜的得到想要的结果。
一集动画时长24分钟，加上中间插播的广告时段，整个放送时间大约有半个小时左右，很快的它就在会议室里的掌声中放送完了。
总的来说第一话的制作完全达到了预期标准，画面和作画也没有出现明显的质量问题这是必然的，如果制作时长最充足的第一话都有问题的话，那么后面的集数只能用灾难来形容了。
“就同期而言，我们的动画在画面上肯定是最优秀的那一类，我倒是希望喜欢飞翔的魔女的观众们都能用高清电视机来观看他了。”宫代奏用开玩笑的语气做了个不靠谱的总结。
“你怎么不说要放到影院里放映？”石见舞反问道。
“这么说不太合适吧，魔女毕竟是以TV标准制作的动画”
全都是废话了，总不能对观众使用的硬件设施提要求不是？