此外，萧如薰设立了新的部门参谋部，将原兵部尚书刘黄裳调职为参谋部尚书，兵部的军事职能被参谋部继承，兵部剩下的职能就和后勤部门一样了，主管军事后勤及运输，即原先的武库司部分职能，和军事指挥再也没有任何关系。
除此之外，武库司的武器研发职能也被萧如薰分割出去，单独成立军工部，军工部尚书则由徐光启出任，专门负责武器研发和革新。
工部还是一如既往负责天下工程，没有改变，还增添了革新民间用具的职能，工部尚书还是杨一魁，成为此次政治风暴中唯一没有变动的部堂级大佬。
超级肥硕部门兵部武选司和吏部文选司及考功司被一起分割出来，联合在一起成为一个新的直属皇帝的中央组织部，武将官员的任免升迁也都归这个部门管辖，吏部只剩下管理官员名单卷宗和按照组织部的任命下发官员证明的职能。
这个部门不受任何其他部门的约束，只听皇帝的命令，而这个部门的尚书人选居然是皇帝的长兄，楚王萧如兰。
这下子明眼人都看出来了，楚王根本不会成为实权尚书，这个部门的实际首脑就是皇帝萧如薰自己，底下几个侍郎什么的倒是实权，但是也全是萧如薰的心腹。
看来萧如薰为了防止中央组织部成为一个权力过大的部门以至于妨碍到了皇帝的权力，而使用了不可能掌握实权的皇族来出任傀儡尚书，实际上的权力掌握在皇帝手里。
要是猜测的没错，以后这个部门的傀儡尚书人选也都是皇族担任，但是实际上却掌握在皇帝手中。
财权人事权兵权都被皇帝一把抓，朝廷尽在掌控之中，群臣彻底成为皇帝的工具，不复有对抗皇帝的能力。
在此背景之下，中央调查司向皇帝通报了赵世卿案的调查结果。
这是一起由成国公朱应槐牵头，联合数家前明勋贵以及部分前明朝堂官员的政治案件，起因是他们对赵世卿得到皇帝的宠幸感到不满，对赵世卿十分嫉妒，继而发展为了对皇帝不给他们实权的不满。
由此案件上升到了政治的地步，朱应槐决定杀死赵世卿给皇帝敲响警钟，让皇帝搞清楚现状，甚至联合了一批前明军官，准备一旦皇帝不妥协就动手，再次发动政变，杀死皇帝，迎奉前明皇长子朱常洛复辟。
案件终于“水落石出”，“真相大白”。
皇帝萧如薰得知这件事情的真相之后，“龙颜大怒”，极其愤怒的要求将一应参与到此事当中的勋贵官员处死，家中男丁一起处死，女性没入教坊司，家产全部抄没入国库。
对于一些之前没有交代但是现在交代的一切基层参与者，比如原明军当中的军官，一并予以处理，斩草除根。
对于及时反正协助调查的顾大理和蔡国珍予以宽大处理，即本人处死，但家人可以活，废除爵位和官身，贬为庶人，准许留在京城居住，但是不能居住在原住址。
对于惨死的赵世卿予以抚慰，增谥号文忠，加太子太傅衔，赵世卿之子得到朝廷加恩，授予官职和赏赐，其夫人赠予一品诰命，享受国家荣养。
赵家人对皇帝的抚慰感激涕零。
自此，第一次大清洗行动获得阶段性胜利。