公元660年，左武卫大将军苏定方带领唐军平定百济，俘其国王及太子，置熊津等五个都督府，并任命郎将刘仁愿为都护，与新罗王金春秋的少子金仁泰共同镇守百济都城泗沘城（今韩国忠清南道扶余郡）3。当年十二月，唐高宗发兵高句丽，命令刘仁轨统领水军，监督海运，负责后勤保障3。但当时气候并不适宜出海，可李义府觉得这是整治刘仁轨的好时机，一再催促他出海，结果刘仁轨的船队在途中遇风沉没，死伤严重3。朝廷派监察御史袁异式审讯刘仁轨，李义府还暗示袁异式，若能按他的意思办事，就不愁没有官职3。不过刘仁轨理直气壮，没有屈服3。最终刘仁轨被免职，以“白衣从军自效”3。
公元661年，百济旧将僧道琛、鬼室福信等人立故王子扶余丰为王，兴起百济复国运动，起兵反抗唐军，将刘仁愿围困在府城34。这时，被任命为熊津都督的左卫中郎将王文度病亡，统率乏人34。唐高宗果断任命刘仁轨为检校带方州刺史，代替王文度统军职务34。刘仁轨带领唐军、新罗军“御军严整，转斗而前，所向皆下”，成功救出被围困多日的刘仁愿部队3。
然而，苏定方围攻高句丽都城平壤不克而还，身在百济的刘仁轨等人便成了孤军3。唐高宗担心他们独木难支，命令镇守熊津城的刘仁轨自行决定是否回撤3。当时，由于驻扎百济多年，唐军将士“衣服贫敝”、思乡心切，纷纷要求回国3。但刘仁轨却力排众议，他以《春秋》大义鼓励将士：“人臣进思尽忠，有死无贰，公家之利，知无不为3。”最终，唐军上下坚定信心，决定留守半岛3。
刘仁轨守护孤城之举，犹如夜空中最璀璨的星辰，闪耀着无尽的光辉，充分彰显出他那坚如磐石般的忠诚、勇冠三军的气概以及百折不挠的坚定意志。当时的局势可谓危如累卵，这座孤城仿若狂风巨浪中的一叶孤舟，孤立无援，随时都有可能被吞噬殆尽。然而，面对如此绝境，刘仁轨却毫无退缩之意，毅然决然地选择了坚守到底。
他深知，放弃就意味着失败与耻辱，唯有勇往直前，方能置之死地而后生。于是乎，他挺身而出，以自己的智慧和勇气积极应对眼前的重重困境。一方面，他冷静分析敌我双方的优劣态势，精心谋划战略战术；另一方面，他深入士卒之间，嘘寒问暖，用激昂慷慨的言辞鼓舞士气，激发起每一个士兵内心深处潜藏的斗志。
正是因为有了刘仁轨这样一位智勇双全的将领坐镇指挥，城中军民才得以众志成城，齐心协力抵御外敌的进攻。他们凭借着顽强不屈的毅力和视死如归的精神，一次又一次击退了敌人凶猛的攻击，死死守住了唐朝在百济的这片重要领地。而刘仁轨的坚守，不仅成功扞卫了唐朝在当地的统治地位，更为后来唐朝在整个朝鲜半岛的长治久安以及对周边地区强大影响力的形成奠定了坚实的基础。
此后，刘仁轨继续率领大军南征北战，屡建奇功。其中最为人所称道的当属那场惊心动魄的白江口之战。在这场战役中，刘仁轨指挥若定，巧妙运用战术，最终大败敌军，取得了辉煌的胜利。此役过后，刘仁轨之名威震天下，流芳百世，成为了后世人们敬仰和传颂的英雄人物。其丰功伟绩，足以令他名垂千古，永载史册。