由全体天元道民直选，产生了三个最高的权力机构。
总务院：负责统筹宗门政务。
其成员有徐毅、凌寒梅、叶向明、封不屈、冯广亮等。
监察委员会：是独立的监督体系。
现在是过渡阶段，由赤心魔军担任。
道民代表大会：负责拟定天元律令、协商议事。
天元宗内部划分了多个职能部门。
其一为：生产建设总局。
下设灵田司、矿务司、工造司等。
首席工匠负责，即使是管理人员，每年也必须有百分之三十的时间，在一线参与劳动。
所有资源调配需在天元灵境的“问政天元”板块公示。
其二为：教育传道局。
取消传统师徒制，建立阶梯式义务教学体系。
每一个季度组织教学轮岗，定期让掌握学识、修炼方法的天元道民，到偏僻村落任教。
其三为：民生保障局。
天元宗建立全疆域贡献积分系统，劳动、修炼、创新均可获得积分。
让擅长不同领域的人，都能在宗门内有相应收获。
天元宗内基础保障物资配给，额外物资根据宗门积分贡献奖励。
在天元灵境的问政天元板块，实时公示物资流向。
其四为：战备防卫局。
以赤心魔军、解放之翼、抵抗之刃、千城护卫军为核心，构建天元宗力量防御体系。
增设了第一集团军、第二集团军……共计五个！
周飞鹏统领的新兵营，将日常训练的军事基地搬到了时间秘境，加速战斗力的形成。
宗门内不定期举行宗门战斗演习，测试应急管理系统的疏漏。
选拔天元宗执政人才，要结合能力测试、基层评价、突发情况应对三个方面。
宗门的重要岗位，至少要通过治理城池三年，才能胜任。
所有岗位的执政记录，都同步到天元灵境上接受检查，做出的重大执政决策终身追责。
监察委员会成员执掌问心裁决塔。
他们同样要接受检测，且更为频繁，确保思想没有出现偏差。
平时，他们隐匿容貌身份，融入天元道民中，收集意见呼声，敦促宗门加以整改。
他们每月举行公述公评大会，接受天元道民现场质询。
为了防止天元宗政策出现重大错误，实施五步决策法。
按顺序，依次为调研、试点、听证、修正、推行。
重要决策必须附带凡人联合签署的意见汇总。
为了应对突发情况，简化实施流程，还建立了急事急办的绿色通道，与特事追溯的双轨机制。
确保天元道民监管会能兼顾效率和稳定。
无论修真者还是凡人，都能通过发明创造，获得天元宗赞助的专项奖励。
只要累积贡献积分，就能获得更多修炼资源配额。
全新的天元宗治理方案，真正诠释了权力来源于群众基础的理念。
宗门运行过程透明化，接受天元道民的监督。
能力越大的人，承担的责任越大。