刚脱离磁暴区，又遭遇了一支由黑暗灵珠操控的机械傀儡舰队。这些傀儡战舰体型巨大，装备着强力武器，发射出的能量光束能轻易贯穿联邦舰队的护盾。战斗瞬间爆发，星际空间被炮火照亮。林羽所在的飞船也遭受重创，他不得不穿上太空机甲，参与到近身战斗中。在激烈的交锋中，林羽发现机械傀儡的能量核心在其背部，且受到黑暗灵珠的精神力保护。他冒险贴近一艘傀儡战舰，利用灵能干扰其精神力场，然后一举摧毁了核心，为舰队赢得了一丝喘息之机。
第五章：灵珠之秘
历经艰险，联邦舰队终于抵达“暗影漩涡”边缘。林羽主动请缨，带领一支突击队乘坐小型穿梭艇，试图穿越漩涡，接近黑暗灵珠。
进入漩涡后，时空扭曲让穿梭艇剧烈摇晃，队员们纷纷出现眩晕不适症状。林羽强忍着身体的不适，集中精神，操控灵能稳定穿梭艇。就在即将抵达灵珠所在位置时，他们遭遇了一道强大的能量屏障。屏障由黑暗灵珠的邪恶力量与星际物质融合而成，坚不可摧。
林羽尝试用各种方法攻击屏障，均无效果。在关键时刻，他想起了在荒芜星球遗迹中看到的符文组合，似乎与能量的频率有关。他静下心来，凭借记忆，将灵能按照符文的韵律释放，奇迹发生了，屏障出现了一个微小的缺口。林羽毫不犹豫地驾驶穿梭艇冲了进去，眼前出现了黑暗灵珠的全貌。灵珠悬浮在一片黑暗虚空之中，散发着令人胆寒的气息，周围环绕着复杂的能量纹路，似在诉说着古老而邪恶的秘密。
第六章：生死对决
林羽等人刚靠近灵珠，就被一股无形的力量攻击。队员们纷纷受伤倒下，只剩下林羽还在苦苦支撑。黑暗灵珠察觉到林羽的威胁，开始释放出更强大的黑暗能量波，试图将他彻底摧毁。
林羽紧咬牙关，将体内灵能提升到极限，双手结印，形成一个复杂的灵能阵，试图封印灵珠。然而，黑暗灵珠的力量太过强大，林羽渐渐不支，身体多处受伤，鲜血染红了太空机甲。就在他即将绝望之时，脑海中突然浮现出父母的身影，以及联邦人民对和平的渴望。一股强烈的信念支撑着他，灵能阵光芒大放，竟与黑暗灵珠的力量短暂僵持住。
第七章：曙光降临
僵持中，林羽发现灵珠表面有一处能量流动异常，那里似乎是其核心的薄弱点。他拼尽最后一丝力气，将手中的灵珠碎片狠狠掷向那个弱点。碎片带着林羽的灵能，精准地击中目标，瞬间，黑暗灵珠光芒闪烁，开始出现裂纹。
随着裂纹蔓延，灵珠内部的黑暗能量失控爆发，林羽被强大的冲击力震飞，失去了意识。在他昏迷之际，只听到耳边传来一阵剧烈的爆炸声，然后便是无尽的黑暗。
当林羽再次醒来，发现自己躺在联邦舰队的医疗舱内。李将军告诉他，在他昏迷后，黑暗灵珠发生了自爆，但由于他的攻击削弱了其力量，自爆并未造成毁灭性后果，黑暗能量被成功驱散，联邦危机解除。
林羽成为了联邦的英雄，他的事迹被广泛传颂。此后，他凭借在这场冒险中获得的灵能知识和星际航行经验，投身于联邦的探索与发展事业中，带领着新一代的星际探险家，不断开拓新的星系，寻找宇宙的真理与和平，在浩瀚星空中续写属于自己的传奇篇章。