黄巾众人诚心归顺之后，众人心中对刘尨的仁德与智谋深感钦佩，除了顾雍之外，包括陈宫这样的智谋之士，皆心悦诚服地认刘尨为主公。
刘尨见麾下兵力大增，又皆是可用之兵，便开始着手整军之事，精心谋划，以期让这支军队发挥出最大的力量。
刘尨挑选其中精壮之士三万有余，以原刘尨军的精锐作为核心骨干，全力组建起三个营。
任命于禁为主将，廖化、杜远为副将，令其率军一万。于禁本就是治军严谨之人，接下将令后，便马不停蹄地开始训练这支部队。他依照刘尨的战略意图，着重训练士兵的阵法配合与军纪素养，旨在将其打造成一支攻守兼备的劲旅。待训练稍有成效，便挥师扫荡济阴郡。
济阴郡内残余的小股乱匪，听闻刘尨军前来，吓得望风而逃。
于禁顺利平定济阴郡后，便驻守在定陶城，此地地势险要，为兖州之要冲，守住定陶，便可保济阴郡一方太平。
同时，徐晃被任命为主将，周仓、裴元绍为副将，领一万大军进军济北郡。
徐晃深知责任重大，他用兵如神，指挥若定，在战场上总是能料敌先机。周仓和裴元绍对徐晃亦是钦佩有加，全力协助。
他们率领大军在济北郡境内纵横驰骋，所到之处，黄巾军余孽纷纷溃败。
平定济北郡后，徐晃率军驻守奉高城。奉高城临近泰山郡，而泰山郡臧霸势力颇大，虎视眈眈。徐晃在奉高城积极布防，训练士兵，严密监视臧霸的动向，犹如一颗坚固的钉子，死死钉在兖州北境，让臧霸不敢轻易来犯。
乐进则为主将，何曼、龚都为副将，带领一万士兵奔赴任城国与山阳郡。乐进作战勇猛，每战必身先士卒。
何曼和龚都熟悉当地地形，在他们的引领下，乐进军如虎添翼，迅速平定了任城国和山阳郡。之后，乐进驻守任城，与徐晃、于禁二人形成犄角之势，三路人马相互呼应，相互支援，使得兖州大地的局势逐渐稳定下来。
刘尨又令毛玠与何仪二人率领众多黄巾士兵和老弱妇孺，在东平国效仿昔日曹操的屯田之策。
毛玠本就擅长内政管理，他精心规划，将土地合理分配，安排士兵们耕种劳作。何仪则积极配合，他在黄巾士兵中颇有威望，使得士兵们都愿意听从指挥。
同时，刘辟奉命回到豫州，将所有黄巾属众迁徙至兖州，并入屯田大军之中，一时间，屯田人数将近三十万。
众人齐心协力，开垦荒地，种植粮食，使得兖州的农业生产逐渐恢复，粮食产量稳步提升，为刘尨的霸业奠定了坚实的物质基础。