而小羽呢，则在一边观战，他知道超梦可不会被轻易的打倒。超梦也是在不久前发现小羽的气息后才发现还有一个人，因此它将小羽列为自己最危险的人，毕竟能够在自己眼皮底下悄无声息的一定是相当的厉害，那种实力绝对不是现在这帮不堪一击的人所能相比的。
小智、小甜及空男分别遣派了自己的喷火龙、水箭龟和妙蛙花应战，然而，小智的喷火龙一望见超梦，便立刻对它喷射烈焰。超梦随即运用念力控制水池中的水，成功抵挡了喷火龙的攻击，并且谴责喷火龙的行为没有教养。
在接下来的战斗中，三只原型的宝可梦均败给了它们各自的分身。超梦趁机利用超梦球将它们捕获，对此小智责备超梦抢夺他人的宝可梦，小智称这种行为是犯规的。然而超梦却表示，它的目的是为了创造更强大的分身，并控制更多的超梦球去捕获小智等人的宝可梦。小智等人只能选择逃跑，然而海男、空男、小甜的宝可梦却陆续被超梦捕获。
在逃跑过程中，小智急中生智，将他的杰尼龟和妙蛙种子收回精灵球。然而，超梦球竟然连同精灵球一起将宝可梦收服。最终，小智等人的宝可梦都被制造出了分身。为了救皮卡丘，小智阴差阳错地来到了制造复制宝可梦的房间。超梦见已达到目的，打算让众人离去，但并不保证他们能平安穿越这场暴风雨。
此时，小智引领着先前被超梦球捕获的原型的宝可梦们再次来到超梦面前。见此，超梦对小智放走了这些宝可梦感到十分愤怒。
小智挥出拳头攻击超梦，却全被它挡下。超梦用念力试图将小智击飞，此时梦幻及时出现，用屏障护住了小智。梦幻表示要与小智嬉戏，但超梦却抢先攻击梦幻，认为最强的本尊才配称真正的本尊。为与梦幻一决高下，超梦连续发动攻击。起初，梦幻只顾闪躲，然而在遭到超梦的暗影球攻击后，梦幻终于开始反击。这场对战逐步演变为本尊与复制宝可梦间的战争。
见双方互相残杀，小智等人痛心疾首，深感只有让超梦与梦幻停战，才能终止这场战争。于是小智勇敢地冲入它们中间，同时承受了双方的发击。虽然成功阻止了它们的对战，但小智却因此化为了石像。
当小智被宝可梦们的泪水唤醒后，超梦从中明白了生命的意义，认识到复制宝可梦的存在不应被世人知晓。最后，超梦与梦幻携带所有复制宝可梦飞往远方，寻找专属之地，并消除了小智等人的相关记忆。
小羽目睹超梦与梦幻翩翩离去，他立即放出了闪电鸟，并迅速骑上它。小羽果断地指挥闪电鸟向前追赶，于是，闪电鸟在一声激昂的长鸣后，展开了翅膀，奋力追赶。小智等人听到闪电鸟的叫声后，纷纷抬头仰望，小智则羞愧地低着头，不敢抬起来。他深知那是小羽哥的闪电鸟，自己违背了他的指令，擅自踏入这里，还落败了，因此根本不敢抬头。但他不知道，小羽并未责怪他。
梦幻和超梦并未飞行得非常快，因此很快就被闪电鸟追上了。超梦和梦幻察觉到后方有人追赶，超梦更察觉到这个追赶者正是自己所畏惧的那个人。然而，梦幻并未在小羽身上感受到恶意，因此依然向圣地清澈崖飞去。小羽似乎明白了他们的目的地，便紧紧跟在他们后面。
小羽记得应该快碰到坂木了，但由于与原着剧情偏差过大，坂木已不再寻找超梦，而是去寻找其他的强大宝可梦。现在的坂木在连续的挫败后，开始寻求稳健。
不知为何，当进入清透崖地界后，原本碧空如洗的天空突然变得阴沉，蒙蒙细雨悄然而至。然而，梦幻和超梦并不在意，超梦那烦躁的心绪也逐渐平复，或许已不再像先前那般愤世嫉俗、仇视人类，对证明自己的渴望也减轻了，反而更加向往和平的生活。
梦幻突然提醒超梦已到达目的地，众多宝可梦纷纷降落。待它们完全着陆后，一片美丽的明镜湖映入眼帘。超梦不禁质疑自己是否有资格欣赏这片湖泊的美丽。
明镜湖清澈见底的湖水在阳光的照射下闪闪发光，小羽着陆后并未打扰超梦和其他宝可梦，而是独自欣赏起了明镜湖的美景。明镜湖位于清透崖的崖顶中央，被广袤的森林环抱，宛如一颗明珠镶嵌在绿意盎然的地毯上。它是附近水系的总水源，湖水从崖顶涌出，流经清透川，滋养着众多野生宝可梦。
湖心有一座小岛，湖水深处是明镜湖的泉源，拥有宝可梦星球上最纯净的水，能令宝可梦迅速恢复元气。此外，明镜湖也是野生巴大蝶的产卵地之一，成群的巴大蝶在湖面上翻飞嬉戏，构成一幅和谐共生的美丽画面。
此时，超梦的声音在小羽的脑海中回荡，询问他为何会与自己来到此处。被打断的小羽并未隐瞒自己的意图，坦率地告诉超梦，他来到这里是为了收服它，使其成为自己的伙伴。小羽向超梦展示了自己的宝可梦队伍：骑拉帝纳、洛奇亚、闪电鸟、水君和风速狗，这些强大的存在散发出独特的气息。超梦感受到这突然涌现的五股力量，明白如果自己不答应，即将面临一场激烈的冲突。
实际上，超梦现在的愿望十分简单，只想和复制品宝可梦们在这片湖泊共同生活下去，过着不为人知、也不受外界干扰的宁静生活。然而，为何总有人来打扰呢？尽管小羽并无恶意，但超梦的内心却难免因此感到些许不快。