国礼司，负责大明的所有祭祀，以及礼仪。
外交司，负责对其他国家人员的接待或各种谈判。
宣传司，负责控制大明境内的舆论，宣传各种皇帝的旨意，以免各地方官员过度解读。
教育司，负责大明境内的所有书院的管理，以及书籍的刊印。
将工部责任细化，下设工商司，科研司，建造司。
工商司，负责大明境内所有商铺的登记。
科研司，负责大明的科研，主要研制军用物品，不过一些能民用的也会放出。
建造司，负责对大明各个工程的建造，比如各地的城池等。
将刑部责任细化，下设法务司，法院司，警察司。
法务司，负责修改大明的法律。
法院司，负责对各个罪犯的量刑和判罚。
警察司，负责大明境内的治安，罪犯的逮捕。
朱棣将五部增设侍郎，每个侍郎管一司，同时，增设五部尚书，分为左尚书和右尚书，以左尚书为尊，右尚书为第二，同时左右尚书也可以互相监督。
同样，朱棣又将督察院改组为检察部，检察部尚书为正二品，直接向皇帝负责，内阁不可以插手检察部的内部事务。
朱棣又将各地方衙门改组，县衙拆分为，县令，警察局，检察司，税务司，工商司，法院，明面上，县令为一县主官，但实际上，县令对警察局，检察司，税务司，法院，工商司并无插手事务之权，县令只能把握大方向，不可插手具体事务。
各州府也依照县衙进行更改。
军队上，除非各府有无法处理的叛乱或山匪无法剿灭的，各地军队不得对州府内部事务进行干涉，但是如果州府上报叛乱后，各地军队不得无故拖延，否则视为叛国。
中央朝廷，朱棣将内阁和军机处并列，内阁还是与历史上一样，虽然名义上是位列五部之上，但并无品级，只有建议之权，并无决策之权，内阁群臣都被朱棣划给了朱高炽，他实在是不愿意处理政务，而且朱高炽监国五十五年，更是得心应手。
军机处，掌管天下兵马，朱棣亲领，三十年来，朱棣每日最喜欢的还是在军机处内，与各将领讨论如何征战剩下的欧罗巴和非洲地区，这可是个难啃的硬骨头。