帕琦拉以弗拉达利研究所的名义将安排进联盟的研究人员调离，并将所有资料等重要内容都上交给了联盟后这才解散了闪焰队。帕琦拉自首后，却没有被关押。她没有参与到弗拉达利毁灭卡洛斯地区的计划中，加上这些资料也算是将功抵过。
卡洛斯重建需要人手，卡露乃以冠军之名，继续让帕琦拉担任四大天王，闪焰队的事情也算是顺利的解决了！
玛农抱着失而复得的哈力君很是感动，哈力君重新能陪在玛农的身边也十分高兴。小智重新赠送给了艾岚钥石和喷火龙x的超级进化石，艾岚重新回到研究所带着玛农一起，担任了布拉塔诺博士的助手帮助布拉塔诺博士进行超进化的研究。
三天后密阿雷市的标志幻彩水晶塔的修复工作完成，重新点亮的幻彩水晶塔也预示着卡洛斯地区注入了新的活力！
一周后，以小智之名的“小智杯”宝可梦华丽大赛——密阿雷大会举办，皮耶尔受邀担任了这场华丽大赛的主持人！不仅这场大会莎莉娜的劲敌们齐聚，还有小遥、小光以及前卡洛斯女王爱儿都报名了这次的大会！
最后“小智杯”的优胜被小遥夺下！
密阿雷机场恢复了运行，爱儿带着妖火红狐先行前往了华丽大赛的起源地芳缘。莎娜三人准备前往关东旅行，莎娜要去参加关东的华丽大赛，这次的体验似乎让她找到了华丽大赛的乐趣。这次的事件中莎娜三人出力不少，小智赠送了超级妙蛙花、超级水箭龟和超级喷火龙x的进化石给三人。
翔太则是准备跟着大吾修行一段时间，小遥准备在卡洛斯地区继续进行华丽大赛，作为顶尖协调训练家，小遥有义务要帮助推行华丽大赛。小光也是同样的考虑，她准备前往合众地区与米可利一起推行华丽大赛。
小胜返回了芳缘，准备挑战芳缘联盟。小胜准备追寻着小智的脚步，挑战完芳缘就去关东和成都，紧接着就是神奥、合众和卡洛斯，他想要成为小智一样的优秀宝可梦训练家。小智临行前赠送了一颗小火龙的蛋给小胜。
小智他们在机场送别了大家后，莎莉娜也告诉了大家她的决定，她准备跟着八汐女士先进行宝可梦表演家的修行，等到成为名副其实的卡洛斯女王后，就像爱儿一样去寻找新的自己！
小智、小霞和小刚的飞机在两个小时之后，小智看出了柚丽嘉从早上开始情绪就不高，安慰道：“柚丽嘉，我们以后还是有机会再见的啊！”
柚丽嘉抱着咚咚鼠道：“可是......我不想和小智哥哥分开，跟小智哥哥一起旅行的时间虽然不长，但是这趟旅程我真的很开心！我从小智哥哥的身上学到了很多的东西，如何照顾宝可梦，怎么与它们交朋友，都是小智哥哥教我的，所以......”
柚丽嘉眼泪大颗大颗的滚落，莎莉娜将柚丽嘉抱住，轻柔道：“柚丽嘉，虽然接下来会很寂寞，但是大家都有各自的梦想！”
柚丽嘉道：“我知道的，我都知道！但是我心里还是很难过！”
小智道：“既然这样的话，柚丽嘉我们也定下一个约定吧！你在成为训练家后，我就跟你对战一场好吗？”
柚丽嘉道：“好，就这么约定了！我想要成为不输给莎莉娜的表演家，从哥哥手里拿下徽章，成为卡洛斯地区最强的训练家！”
希特隆微笑道：“柚丽嘉的理想还真的挺远大的！”
小智道：“那就这么约定好了！无论我在哪里，只要柚丽嘉的电话我就来赴约！”
柚丽嘉伸出了小拇指，擦掉了眼泪道：“小智哥哥，拉钩！拉过钩之后做不到就要吞下一千根针哦！”
小智微笑着和柚丽嘉做了约定！
临行前，小智赠送给了希特隆一颗咩利羊的蛋和超级进化石，这是早就答应过希特隆的，莎莉娜得到了丑丑鱼的蛋，美纳斯与莎莉娜的适配度很高，作为表演家也会有更多的表演方式！
小智三人坐上了飞机回到了关东，分离是为了下次更好的相见，大家都带着梦想踏上了新的旅途......