土地云的神通力也朝两只射出，将两只打的不断后退。雷电云趁机进行了偷袭，龙卷云则是使用了臂锤将土地云重重打击到山上。二对一，土地云虽然实力强，但总归还是分身乏术，对付两只还是很吃力的。
火箭队三人组正在不远处看着空中的三只宝可梦激烈战斗着，武藏道：“这样一来，三只都到齐了！作战计划进入第三阶段。”
这一切都是火箭队的计划，用破坏楔石的办法引龙卷云和土地云现身，最后土地云为了平息这场对战肯定也是会现身的。
小次郎联系上了塞格博士，道：“博士，计划进入了第三阶段，现在的坐标在哪里？”
塞格博士的声音传来，道：“A308。我很快就到达三云岛了，你们放心好了，我这次带来了专门应对的牢笼，你们就期待接下来的华丽的空中秀吧！”
喵喵将坐输入了电脑，塞格博士的坐标正在急速的接近三云岛。
空中的战斗还在继续，但是土地云试图抓住任何的机会劝说两只。这时空中降下了十二道光柱形成了三个牢笼将土地云它们困在了里面。
尤特道：“这究竟是怎么一回事！”
“既然被问到是谁！”
小智道：“打住！不用继续了，你们那套开场白我已经听腻了！”小智没这个心思听火箭队的开场白，既然都到齐了那么也就不用在等了！
天桐道：“怎么又是你们啊！”
艾莉丝道：“你们的目的果然是土地云它们吧！”
尤特也反应了过来，质问道：“石碑的楔石也是被你们破坏的吧！”
武藏道：“没错啊！等到三只都打累了之后，压轴的就是我们火箭队了！三只我们都收下了！”
尤特的裙儿小姐和这座岛上的草系宝可梦都是因为火箭队的这个目的而痛苦，尤特愤怒道：“为了这个目的，就害得这座岛上的草系宝可梦这么痛苦，不可原谅！”
小智上前道：“都到齐了！那我就帮土地云进入最终章吧！火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟，该你们出场了！”
小次郎道：“小鬼头这可是我们火箭队专门为这三只研发的特制笼子，就算是神兽的攻击也没有办法破坏的！”
小智道：“谁说我要攻击笼子了？瞄准火箭队的直升机发出光线的地方攻击！”
“什么？！怎么可能！”
在火箭队三人组震惊的目光中，三圣鸟的绝招直接将火箭队的直升机给毁了，塞格博士生死不知。光线消失土地云它们三个突破了出来，将牢笼瞬间粉碎。
能量的波动将山顶的火箭队三人组也轰飞了出去，只留下了一句“好讨厌的感觉”，碍事的人就都离开了三云岛。
事情解决后，龙卷云和雷电云再次联手对土地云发起了攻击，土地云刚才被直升机毁坏的爆炸弄伤了肩膀，很快不敌落入了下风。小智跟124号兑换了一株复活之草，扔给了土地云。
恢复健康的土地云拿出了全盛期的实力，将龙卷云和雷电云彻底打服了！歌德小童帮助土地云将想法传递给了两只，两只终于安静了下来。
艾莉丝道：“土地云在跟龙卷云和雷电云的战斗中受了伤，是用复活之草恢复健康。”
天桐道：“在歌德小童的帮助下平息了这场对战，一切都跟传说对应上了！”
因为战斗的平息，天空放晴了！
小智道：“终于平静下来了吗？事情解决了！”
龙卷云和雷电云纷纷低下头，小智清楚这本来就不是它们的错，要不是火箭队将楔石破坏，它们还安静的沉睡呢！
小智道：“不用道歉，不是你们的错！”
尤特走到土地云它们面前恳求道：“拜托你们，请将这片土地恢复成原样吧！”
三只同时点了点头，雷电云掀起了飓风，雨云朝三云岛聚集，滋润土地的恩惠之雨开始降落。土地云将埋在地下的复活之草的种子重新唤醒，不一会儿贫瘠的土地就绿意盎然，复活之草长满了整个三云岛。最后是龙卷云吹起风，将复活之草的种子传递出去。雷电云召唤出雷电将复活之草烧掉，为土地恢复肥沃。
如此进行了几次，三云岛恢复了原状。
天桐道：“好多的复活之草啊！”
艾莉丝道：“漫山遍野都是复活之草！”
尤特道：“原来要土地云、龙卷云和雷电云一起才能让三云岛变成丰饶的土地！谢谢你们！”
尤特的裙儿小姐和草系宝可梦们都恢复了精神在复活之草中翩翩起舞。
土地云它们也离开了三云岛，不知道去了哪里，在岛民们需要的时候或许还是会回来的吧！小智三人跟尤特告别后，回到了帆巴市，尤特还特意先摘了一部分让小智先带回帆巴市的宝可梦中心给乔伊小姐。