征东大都督府下，则设八司，分别是：
参谋司，负责整理军事情报，并以此为根据，进行分析推演，并给出意见和建议。
军法司，是军队内部的理法裁决机构，负责对在职军人违法违纪事件的裁定，若是现役军人在请假期间违反了地方法律，也是要先交由军法司处置的。
军令司，负责大都督府所有命令文书及时下派送达，并负责保障军令正确顺利进行。王伦交给了这个部门另一个任务，就是养信鸽。
军务司，负责各部队、各兵种武器装备的采买和品质检查监督。
军训司，负责各部队日常军事技能操练，并对训练成果进行考核评判。
后勤司，负责军队武器、被服、衣甲、粮草、车辆等的运输保养，以及火头军也就是炊事兵的驻派等。
军情司，负责对天下各地地形的测绘、各地天文地理水文道路情况、民风民俗等的收集调查，以及各地军事情报的收集等。
侦骑司，只对王伦本人负责，职责只有一项，监视内部动向。
除了二府六曹八司之外，王伦又设置了三司，即监察司，专门负责对各曹和各项事务的开支审计以及对官员的督察等。
他特意设了另两个部门，安民司，类似于后世的民警，组建了一支“民警”队伍，负责巡逻街道，处理民间的民事纠纷；城管司，安排人员的守夜、打更、街道清扫、市容维护等。
王伦的这一番制度改革，其实就是将大宋朝本就有的许多职司重新厘定，又将一些并无法定、但地方上已经通用的制度规范化。
先前梁山的“头领、头目、小头目、喽啰”的这一套职级，已经不适合了，王伦也重新做出了调整，改为“将、校、尉、士”，仍旧四级，属于暂用条例，以后还是会继续修改的。
制度既然已经确定，就得进行一系列的人事变动，这就意味着有一些领兵的头领，会转为文职军官，王伦少不了又要继续与众头领们逐一谈话，以安抚人心。
王伦之所以要迫不及待地进行制度改革，是因为他必须得给梁山历次战争中伤残的士卒寻找一个更好的出路。
以前梁山历次出兵，伤残人员都发放了抚恤金，而且王伦也尽可能地将他们都安置到各作坊，做一些力所能及的工作。
但毕竟工坊的许多工作，还是需要双脚齐全的人来做的，为了安置这些伤残士卒，王伦就设了诸多部门，至少培养培训一番，勉强也能够任用的。
他现在并不着急着打算就此搞土地改革，步子迈得太大，很容易适得其反。