刚成为橘子群岛荣誉训练家的小智，再次和小霞以及小建登上了小型游轮，踏上了前往其它岛屿的海洋之旅。
深海洋流的暴动首先导致了它所处海域的变化，平静的海面突然就变得波涛汹涌了起来。就连天气都受到了影响，风暴悄然降临，漆黑的云中闷雷时不时的炸响。
原本乘船前往某一岛屿的小智一行人亦是处于被影响到的范围中，小型游轮的航向已经不受船长的控制了。
无数生活在大海中的宝可梦都浮出了水面，随着汹涌的大海与那艘小型游轮一同被推动着前往了漩涡列岛的方向。
海面下，火箭队笨蛋三人组所打造的鲤鱼王外型的人力潜水艇被无数鲤鱼王环绕着，同样无法控制的冲向了漩涡列岛。
在大海上漂流了一段时间，小型游轮的船长看着眼前慢慢浮现的岛屿惊呼道：“竟然被卷到这边来了吗？”
“啊？”小智站起来看了过去，“这座岛屿是……”
“亚西亚岛。”船长回答了他的问题，“这座岛屿处于橘子群岛海域的最边际，它是归属于城都地区，被称为漩涡列岛的海外群岛中的主岛。”
整个世界都随着火焰鸟的下线慢慢出现了变化，毕竟祂负责镇压的深海洋流和另外两股洋流，一旦出现变故会影响到整个世界的大海。这，是足以导致世界末日的危机。
如果所有的深海洋流都开始暴动，并且没有及时的阻止的话，这个世界估计用不了多久就会成为海底世界。
（盖盖：还有这好事？不会飞你丫老老实实在丰缘地区待着就行，可别满世界创造陆地给我找事。）
那时候，除了水生的宝可梦之外，基本就没有其它生灵的活路了。
但是，这危机可没有那么简单。
等海底世界铸成之后，紧接着就是所有深海火山的爆发，水生宝可梦们也只剩下了成为水煮鱼这最后的结局。
而且，所有的传说中的宝可梦地盘都被磨灭了之后……恐怕除非阿尔宙斯亲自降临，不如仅仅靠着一个‘秩序之神’，恐怕是无法阻止所有神明共同掀起的神战。
世界的变化最先出现在了关东地区和城都地区，这两个地区是距离事发地点最近的两个地区。这两个地区是紧密挨着的邻居，‘常青森林’可是横跨了这两大地区的巨型原始森林。如果不迷路的话，是能够通过这座森林直接偷渡到隔壁地区的。
真新镇，骑着自行车锻炼身体的大木博士路过了小智的家，见花子正在浇花停下车子打起了招呼。
“哟小智的妈妈，这些花草都很有精神呐。”大木博士笑着说道，明明自己才是长辈，但每次见到花子的时候，大木博士都下意识的会把对方看作是自己的长辈。
（小智啊小智，你小子社交魅魔啊，穿越个时空都能把少年大木变成了好盆友。）
“啊，是大木博士啊。”花子转过身来笑着回应道，“最近几天的天气一直都很好，花草们也就成长的很健康了。”
大木博士赞同的点了点头，“是啊，这样好的天气，连我都忍不住暂时放下研究工作，出来活动筋骨了。”
话音刚落，一阵狂风吹拂而来，紧接着天空上就布满了连绵的黑云。