大宋枢密院的兵力计数方式以营为单位，一营五百人。
定边军有禁军十营，厢军五十营，其他番军乡军若干。定边五千禁军和两万五千厢军，哪怕这些厢军战力高估一点，这在枢密院也不算大事。真正让中枢对杨家有疑虑的是番军乡军若干，这个若干不是枢密院不关注，而是的确没有个准确数字。
杨元奇调整军队就是在于此，这个若干他自己临战都得问具体统兵之将，造成这个原因的本身就在于他自己，在朝堂序列中，比如清风寨厢军五千，实际这支厢军可能只有三千，五千厢军的费用养三千兵员，战力的提升就在于此。其他不足的只能杨家自己贴，这也造成了参谋司的账目琳琅满目。最初问题不大，当杨家军扩大，这笔账目就越来越难管理，张清所谓专管天波府账目，实则大半人的得算到参谋司，至于天波府本身开支，倒是丢给了当年的李老鸨。
杨元奇思虑再三，想做一个彻底的调整，把整体理顺来。这样还能给枢密院一个交代，他父亲杨兴武这个知定边会好做很多。
杨元奇设定边军司，杨兴武和其他朝廷委派官员作为作为这个司的总领机构。
定边军司：杨兴武、扈三娘（杨元奇）、朝堂其他委派官员。
军司直属机构四个分司和几支直属军队。
训导分司：燕小乙、扈成、箫让（定边监军参军）
参谋分司：吴用、朱武
后勤分司：朱应、杨震、张清（财务）
战情分司：戴宗（战场情报为主，也是和杨家情报司的对接口。）
军司直属侦骑营：燕小乙（兼）。满编一营三百人，全骑兵。这是杨家军唯一成建制的骑兵队伍，杨家也就能凑齐这些骑兵，其他各部还需要大量哨骑。
军司直属护卫营：朱武（兼）。满编三营一千五百人。
军司直属监军营：杨震（兼）。满编一营五百人。
军司直属治疗营：安道全。满编一营五百人。其中，只有一百人为战士，其他更多是医疗兵，所有大夫医师军纳入该营。统筹调配各军军医。
后勤预备军：满编十营五千人，指挥使：朱应（兼）。这在朝廷编制中为乡军。
军司下设各军部。
定边一军：满编十营五千人，正副指挥使：杨再兴、扈刀
定边二军：满编十营五千人，正副指挥使：董平、索智
清寨军：满编六营三千人，指挥使：武松
风寨军：满编六营三千人，指挥使：杨志
明寨军：满编六营三千人，指挥使：杨雄
月寨军：满编六营三千人，指挥使：花荣
定边军司下设直属分司和军副指挥以上军官天然进入定边军司。
前面定边两军汉族和横山族比例2:1，后面四个寨军却是1:2，给朝廷上报前面两军为禁军编制，后面四军为厢军编制（上报满编为五千人，厢军开支不足，为保证其战力只能养三千人）。