处理完雪拉比事件后，小智等人重新踏上旅程。
在抵达浅红市外围的某处小森林时，他们遇到了一所忍者学院。
在好奇心的驱使下，一行人在这个忍者学院内上了一天的体验课。
体验课期间，小刚在收服了一只新的神奇宝贝——爱哭树。
这只爱哭树名副其实，是一只很喜欢施展假哭招式骗人的小家伙。
离开忍者学院后，小智等人花费大半天时间，抵达了浅红市的神奇宝贝中心。
“小智，你送回来的神奇宝贝球，我都收到了，另外小智你要的吞食兽、顿甲、电击兽，我传过去了，你注意查收！”
一到神奇宝贝中心，小智就将部分神奇宝贝传回研究所，最主要传回去的还得是新收服的雷公。
至于索要传说过来的三只神奇宝贝，是小智打算挑战下一个对战设施需要用到的精灵。
也就在小智进行精灵交换之际，小遥的杰尼龟不知为何跑出神奇宝贝中心，朝着不远处已经荒废的火车站跑去。
等小遥反应过来之时，杰尼龟已经跑出老远了，她匆忙将伊布精灵蛋交给小刚照料，随后追了上去。
小智抬头看了一眼乌云密布的天空，又扫了一眼神奇宝贝中心之外的环境。
熟悉的场景，让小智回想起一段特殊的剧情。
那是一段穿越时间改变历史走向的剧情，改变剧情的主角是小遥、杰尼龟、喵喵。
想到穿越时间，小智不由想起雪拉比，于是在挂断电话后，他将波导之力尽数散发出去，探寻帮助小遥穿越时间的神奇宝贝到底是什么。
强大的波导笼罩下，很快，他就有了新发现。
火车站正门矗立的巨大松树，确实有雪拉比的波导反应，只是这个反应很微弱，应该的雪拉比曾在这棵松树停留过。
同时还有火车站内还有一股很特殊的波导反应，他能肯定那就是雪拉比穿越时间的特殊波动。
确定了没有危险，小智也就没有干预小遥的时间穿梭之旅的想法。
………
废弃火车站内。
小遥在一个老妇人怀中找到，偷偷溜走的杰尼龟。
“原来这只杰尼龟是你的啊！”老妇人和蔼淡笑道。
小遥点点头，“是的，它突然乱跑出来，给您带来麻烦，真的很抱歉！”
老妇人宠溺地看了杰尼龟一眼，“没关系，这孩子它很可爱，况且神奇宝贝活活泼泼的才是最健康的，不是吗？对了，你叫什么名字啊？”
“我叫小遥，老人家请问您是……”
“是吗，还真是个好名字，小遥你叫我阿国嫂就行了。”
阿国嫂刚做完自我介绍，天空就下起小雨。
“哎呦，今天的天气也并不怎么好，趁着雨势并不大，小遥，你先回去吧！”
“嗯，不过阿国嫂你在这里做什么呢？”小遥疑惑地询问道。
“我在等从其他城市开来的火车，这里曾经是这条车道的终点站，火车会穿过这个隧道开过来……”阿国嫂缅怀道。
小遥看着破旧损坏的轨道，低声道：“可是这个车站……”
“那个人会回来的……”
阿国嫂的眼眸中露出一抹希冀。