元始五年，绿林和赤眉领导的农民起义大爆发，并迅速建立了政权，大批富有的地主也随之投靠了王莽。
更始元年，反莽武装共同拥戴宗室刘玄为帝，号更始。
“当时战争主要集中在南阳和紧邻的颍川。冯异受命监护五县与父城县长苗萌据城抵抗起义军。”
“起初，刘秀率兵攻打父城，没能取胜。”
“冯异去别的属县巡视，被刘秀的手下捉住。”
“冯异表示愿意跟随刘秀并承诺自己会劝苗萌一起追随还会将自己监护的五座城池共同献出。”
“但有一个条件因为他母亲还留在城中，所以他请求刘秀先放自己回城。”
“回到父城后，冯异说服苗萌一同归顺刘秀。”
“随即，刘秀的哥哥刘縯遇害，刘秀悲痛万分。”
“他就从驻地父城赶往宛城，向刘玄谢罪。回到宛城后刘秀也不敢为刘縯服丧。”
“刘秀的表现，让刘玄感到愧疚，慢慢的他减轻了对刘秀的戒备。”
“不久，刘玄任命刘秀为破虏大将军，封武信侯。”
“随后刘秀就迎娶了南阳新野豪门之女阴丽华为妻。”
“冯异则在此时坚守父城，拒绝向刘玄投降。”
“始元年，王莽政权正式被推翻，更始皇帝刘玄急需一位能光复河北地区的亲信。”
“南阳郡刘姓宗室的大司徒刘赐向刘玄推荐了被软禁在家的刘秀。”
“在刘玄派刘秀去经营河北时，遭到部下诸将万般阻拦。”
“冯异听闻此事便让刘秀与左丞相曹竟之子曹诩交好，当刘玄再次派遣刘秀前往河北时，曹诩让曹竟帮了不少的忙。”
“冯异也因此受到了刘秀的赏识，后来，当刘秀升任司隶校尉，途径父城时。”
“冯异开城迎接并献上酒肉，被刘秀提拔为主簿。”
“冯异还推荐了铫期、叔寿、段建、左隆等同乡人材，刘秀任命他们为掾史，一同随刘秀赴河北。”
“到河北之后，冯异发现刘玄的将领们蛮不讲理，百姓更是苦不堪言。”
“他马上向刘秀汇报此事，汇报完后冯异并没有着急提出建议而是先跟刘秀讲了夏桀商纣的混乱，又夸了商汤周武的功勋。”
“接着冯异才开始建议刘秀借助目前的平台，为老百姓办好事，得民心。”
“应该尽快派遣官员和属下，前往各个地区，审查冤假错案。”
“并广泛施行恩惠以便发展自己的势力，刘秀采纳了他的建议。”
“到达邯郸后，刘秀派冯异乘坐驿车巡行抚慰所属各县，审查囚犯罪状，问候鳏寡，来自首的人即可免罪。”
“官员中对刘秀有异心的人都被冯异暗中记下来总结成名单送给刘秀，在刘秀根基未稳的时候这份名单多有助益。”
“更始二年，王郎在邯郸起事，在河北豪强的支持下，与汉军政权对抗。”
“当时作为汉军派遣到河北的使者刘秀被王朗派人刺杀。”
“刘秀没有坐以待毙，他从蓟城带兵南下。”
“到达饶阳治下的芜蒌亭时已经是深夜，天气严寒大家都感到饥饿疲劳，冯异急忙煮好豆粥供应。”
“次日，刘秀当着诸将的面夸赞冯异又说，昨夜喝了冯异的豆粥饥寒都消失不见了。”
“到了南宫县，又遇到大雨，刘秀率领随从到路旁的空舍中避雨，冯异又亲自煮麦饭为之充饥。”
“到达信都后，刘秀任命冯异为偏将军到河间征兵。”
李世民：在攻破邯郸后，刘秀封冯异为应候，然后调整将领部署。
并分配各自的属官，士兵们都愿意跟随冯异，刘秀因此更对他另眼相看。
刘秀刚平定河北，刘玄就起了疑心，开始有意提防刘秀。
他派出舞阴王李轶、廪丘王田立及大司马朱鲔、白虎公陈侨等人，率领三十万大军前往洛阳镇守。
为了鼓舞士气刘秀亲自率领大军扫荡农民军，同时，他任命寇恂为河内太守，冯异为孟津将军，统领河内、魏郡二郡驻军，共同对抗朱鲔等人。
经过几次交手，冯异察觉到朱鲔和李轶之间的不和。
他写信给李轶，信中提醒李轶当前的局势，刘玄政权已经危在旦夕。
而刘秀势力蒸蒸日上冯异又提起李轶曾与刘縯、刘秀兄弟共同起兵的深厚情谊。
李轶明白冯异的意思，于是李轶向冯异回信，表达愿意修复与刘秀的旧交。
知晓这一情况后，刘秀命令冯异加强与李轶的联系，观察双方关系的变化。
李轶和冯异达成共识后，便不再与冯异进行正面的交锋。
冯异见时机已到，北攻天井关，夺取了上党郡的两座城池。
之后又南下攻取了河南成皋以东的十三县，成功平定了豪强割据的势力，归降者多达十余万人。
武勃得知后，率兵前去讨伐那些归降的人。冯异得知消息后立刻率军渡过黄河进行救援。
两军在士乡爆发了一场激烈的战斗，冯异大败武勃。
想求李轶伸出援手，然而李轶却紧闭城门。
随后为了进一步激化李轶与朱鲔之间矛盾，刘秀故意泄露李轶与冯异通信一事，朱鲔知道此事派人刺杀李轶。
同时朱鲔派出去苏茂进攻温县，自己则亲率军队进攻洛阳西北平阴，意图牵制冯异。
冯异则与寇恂联手，成功击破苏茂的军队。
随后冯异部队渡过黄河，向朱鲔发起攻击。
朱鲔不敌逃回洛阳，暂且避难。
冯异率军一路追击，虽然没能抓到朱鲔，但是他还是命人绕着洛阳城转了一圈才离开。
这时刘秀已经到了要称帝的重要节点，手下的将领多次劝进，刘秀却一直犹豫。
关键时刻，刘秀把冯异召回部邑计议，冯异劝刘秀称帝，刘秀这才开始筹备登基的事。
建武元年六月，刘秀在鄗城千秋亭称帝，恢复汉朝正统，史称东汉。
建武二年，刘秀虽然已经称帝，但是天下并未太平。
当时几十万赤眉军在三辅地区的活动十分猖獗，地方上的世家大族也拥兵自重，大司徒邓禹无法平定。
刘秀便派冯异前往征讨，封冯异为阳夏侯，让他领兵入关，主关陇地军事。
刘秀亲自送冯异到河南还赐给冯异一柄宝剑并嘱咐冯异，三辅地区深受王莽、更始政权的折磨。
继而又遭受赤眉、延岑军马的暴虐，黎民百姓饱受摧残，没有可以依靠与倾诉的对象。
这次征伐，不一定要占地杀人，关键在于安抚百姓，不要给郡县百姓带来痛苦。