申时行担任首辅之时以和事佬而著称。
他希望用自己的诚意居中调和，使得君臣一体上下一心，用此方式继续推行张居正当年未完成的改革方向。
群臣们立刻攻击申时行首鼠两端，舆论声浪太强，申时行那时又在休假，等他反应过来时已经连万历皇帝也保不住他，申时行只能自己上疏请辞。
但结果是两方都不讨好。
万历皇帝已经对和文官的斗争烦透了，表面上的虚与委蛇也不接受，干脆长久的撂挑子，老板都主动摆烂，申时行再怎么裱糊也没有办法让文官集团满意。
但是这时的朝堂已经形成一个个小集团，张居正改革之时任用私人，得罪了天下文官集团，最终只能人亡政息。
申时行就是这么一个聪明绝顶的人，一边学习商业一边读书都能应付的过来，但是申阁老成为首辅之后照样应付不了万历内阁的复杂条件。
可是申时行也感觉心中无力。
因为回想当时制定那些政策之时，自己难道不知道有所折中？
在张居正倒台之后，申时行很清楚的知道张居正的许多做法都是有利于大明的。
他将政策的效果和《国富论》中的理论对照，愕然发现许多未成功的政策往往就是违反了《国富论》所指出的经济规律。
《玉蜻蜓》里的申元宰只考中解元，但实际之中的申时行二十七岁就高中状元，大概是小说家都觉得这样的改编太不真实，毕竟在南京这样的地方，二十几岁能考上举人就已经足以为人称道。
最终在九年前，争国本事件刚刚发生的时候，申时行还是用一套老方法。
明眼人一开始都知道所谓争国本事件，根本就是党争向皇权开炮的一个借口。
十六年后，徐元宰中了解元，辗转得知自己的身世，于是到法华庵认母。
实际上就算朱常洵当皇子又有多大分别？
站在内阁首府的角度上，申时行知道皇权越是被限制，想要推行改革就越不可能。
申时行自己即使再来一遍，也是同样的结局，更何况当时万历皇帝已经长大，申时行也没有像张居正一样控制皇帝的机会。
这时的申时行其实就已经完全失败，被皇帝和文官集团一起踢开就只是时间问题。
每次万历皇帝和文官闹出矛盾的时候，申时行就主动出马：一方面帮助皇帝安抚文官，一方面也没有忘记首辅该做的事情，向文官集团表示诚意。
万历皇帝也表示等皇长子十五岁以后再说此事，帮忙他应付朝臣。
申时行高兴的以为争国本事件将就此平息，那时他自己也累得心力憔悴，所以回家休假。
他却没想到文官集团的力量已经远超预料，就在申时行休假之时他给万历的秘密上疏居然流传开来，上疏里头申时行直白表示：“皇上自可决断策立之事”的话瞬间引得天下哗然。
只是那些折中的原因，并不是他不想做，而是做不了。